对接所产生的结构文件含有蛋白和配体的坐标。Gromacs-4.6.5只能产生蛋白的力场文件，配体的力场文件需要其他方法生成。所以，首先需要将蛋白和配体的坐标文件分开生成独立的protein.pdb 和ligand.pdb。下面的步骤参考：http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/index.html
1：ligand.pdb的处理
在prodrg（http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg）中输入ligand.pdb的左边，选择 Yes、Full 和 No进行run，会生成多种格式文件。选择gromos87/gromacs coordinate file(polar/aromatic hydrogen)生成ligand.gro坐标文件；选择gromacs itp file生成ligand.itp拓扑文件（两者的原子数目要相同)。
2：protein.pdb的处理
pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -ignh
力场选择gromos 43a1，水选择 spc
3：修改protein.gro文件
将ligand.gro的坐标（仅原子坐标部分）拷贝到protein.gro的倒数第二行，并修改protein.gro的原子总数（通常在第二行）。
4：修改top文件
在top文件尾部加入：
；Include ligand topology
# include “ligand.itp”
并在[molecules]中加入 ligand的名称（见其gro文件）和数目。
5：构建盒子并加入水
构建盒子：
editconf -f protein.gro –o protein_box.gro –d 1.0 –bt cubic
加入水：
genbox –cp protein_box.gro –cs spc216.gro –p topol.top –o protein_wat.gro
6:平衡系统电荷
grompp –f ions.mdp –c protein_wat.gro –p topol.top –o protein_wat_ion.tpr –maxwarn 1
genion –s protein_wat_ion.tpr –o protein_wat_ion.gro –p topol.top –pname NA –nname CL –np (阳离子) N -nn（阴离子）N
7：能量最小化
grompp –f minim.mdp –c protein_wat_ion.gro –p topol.top –o em.tpr
mdrun –v –deffnm em
8：NVT平衡
(1) 生成ligand的位置限制性文件
genrestr –f ligand.gro –o posre_ligand.itp –fc 1000 1000 1000
(2) 修改top文件
尾部加入
; include ligand position restraint file
#ifdef POSRES
#include “posre_ligand.itp”
#endif
(3) 先用make_ndx 命令将protein和配体分在一组。
Make_ndx –f em.gro –o index.ndx
>1 | 13
>q
(4) 然后修改nvt.mdp：在temperature coupling中修改tc-grps
Tc-grps = Protein_Ligand Water_and_ions //两组
(5) 执行以下命令
grompp –f nvt.mdp –c em.gro –p topol.top –n index.ndx –o nvt.tpr
mdrun –v –deffnm nvt
9：NPT平衡
修改npt.mdp：在temperature coupling中修改tc-grps
Tc-grps = Protein_Ligand Water_and_ions
然后执行：
grompp –f npt.mdp –c nvt.gro –p topol.top –n index.ndx –o npt.tpr
mdrun –v –deffnm npt
10：完全模拟
grompp –f md.mdp –c npt.gro –p topol.top –n index.ndx –o md.tpr
mdrun –v –deffnm md
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